כאשר מסדרים מכסי ביוב על הסיפון, הם צריכים להיות ממוקמים בדרך כלל קרוב למחוצה התחתון, כאשר הציר הארוך של מכסה הביוב מקביל לתא, מה שמקל על התקנת סולם ישר מתחת לבור הביוב. כדי להקל על הגישה והאוורור של אנשי הצוות, למיכלי נוזלים גדולים יותר ומכלים ריקים צריכים להיות לפחות שני מכסי ביוב המרוחקים זה מזה. תאים גדולים יותר בתוך תחתית כפולה צריכים להיות עם מכסי ביוב בשני הקצוות, ובמידת הצורך, יש להתקין מכסה ביוב נוסף באמצע אורכו. מכסי ביוב הממוקמים ברצפה הפנימית צריכים להיות במרחק של לפחות 800-1000 מ"מ מהמחיצה הראשית כדי להימנע מהחלשת חוזק הרצפה הפנימית ליד המחיצה הראשית.
בין אם מכסי ביוב מותקנים על הסיפון, הרצפה המקבילה, הפנימית או המחיצה, יש לשמור על מבנה גוף הגוף שלם ככל האפשר. אם הסידור קשה ובלתי נמנע לחתוך את מבנה הגוף, יש ליישם חיזוק מתאים. אין להתקין מכסי ביוב באזורים קריטיים המבטיחים את החוזק המבני של גוף הספינה, כגון קצוות סיפון, פינות פתח ואזורי ריכוז מתח.
כאשר מכסי ביוב מותקנים על שני סיפונים או במות תחתונות, יש להזיז את מיקומם. אם מכסה פתח נמצא על הסיפון או הפלטפורמה העליונה, אין למקם את מכסה הביוב בסיפון התחתון או במשטח המקביל מחוץ לטווח ההקרנה של מכסה הפתח.
